Identification of pathogenic parasites (Yersinia pestis and Bacillus anthracis) in food using DNA microarrays as a microbial analysis tool
Keywords:
pathogens, food, microarray, Yersinia pestis, Bacillus anthracis
Abstract
Microarray technology is based on the ability to simultaneously analyze a number of DNA sequences. The objective was to recognize Yersinia pestis and Bacillus anthracis in food using DNA microarrays to expose the bioinformatics tool in the study of pathogens. The microchip has an accuracy that can detect even a single gene-specific RNA molecule out of 100,000 different RNAs. Samples were analyzed in duplicate, then the average intensity of 10 negative spots was subtracted, resulting in 2,240 probes obtained from the total fluorescent intensity (TFI) data. Subsequently, the positive signals selected were total fluorescent intensity values greater than 20,000. Among the different strains of Yersinia pestis, 300 positive probes for each type of Y. pestis were used for evaluation, of which only 37 specific probes were selected. Of the different Bacillus anthracis strains used in the evaluation, a total of 800 positive probes were obtained for each strain of B. anthracis, of which only 37 B. anthracis-specific probes were selected. The specificity and sensitivity of the selected probes were examined from the 37 Y. pestis probes and 83 B. anthracis probes, which were mixed with a panel of foodborne bacterial pathogens and then amplified. The specificity and sensitivity results of the probes showed strong positive signals, therefore, they could be considered as potentially specific probes in microbial analysis.
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References
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Published
2022-06-05
How to Cite
Cagua Montaño, L. E., Rea Sánchez, V. H., Tubun Vargas, A. L., Rodríguez Cruz, K. D., Astudillo Hinostroza, G. S., Coello Meneses, L. A., Pazmiño Pérez, R. J., Enrique Pazmiño, C., & Rodas Pazmiño, J. P. (2022). Identification of pathogenic parasites (Yersinia pestis and Bacillus anthracis) in food using DNA microarrays as a microbial analysis tool. REDIELUZ, 12(1), 106-114. https://doi.org/10.5281/zenodo.6817597
Section
Ciencias Exactas, Naturales y Agropecuarias
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